Este organismo realiza recorridos en conjunto con la Conagua, para tomar muestras de agua y realizar pruebas de laboratorio a las descargas sanitarias, que desembocan en dicha presa que se ubica en su mayoría en territorio atizapense, pero una porción pertenece a Naucalpan donde también hay drenajes de aguas negras de fraccionamientos que descargan en este embalse.
Incluso, el llamado relleno sanitario metropolitano de Tepatlaxco, que quedó convertido en un enorme tiradero a cielo abierto, registra desbordamiento de sus lixiviados —jugos tóxicos que genera la basura—, que están llegando al río San Juan que desemboca en Presa Madín, por lo que esto es una emergencia ecológica.
En este embalse, el presidente Andrés Manuel López Obrador y la gobernadora mexiquense, Delfina Gómez Álvarez, inauguraron apenas en octubre de 2023, una nueva planta potabilizadora de agua.