Con 33 años de edad, Jonathan dos Santos disputó un total 58 partidos con la camiseta del Tri, en donde registró cinco anotaciones.
En total, fueron 29 partidos amistosos, 17 de Copa de Oro, siete de eliminatorias mundialistas, cuatro de Copa Confederaciones y uno en el Mundial de Rusia 2018, los que jugó Jona con la selección.
Fue en 2009, bajo las órdenes de Javier Aguirre, cuando Jonathan dos Santos debutó con la camiseta de la Selección Mexicana.